1.宿州市神经遗传变性与免疫重点实验室。“宿州市神经遗传变性与免疫重点实验室”依托我院“省级临床重点专科”神经内科和临床中心实验室创建，实验室紧密结合当前神经系统疾病的生理和病理关键技术难题，开展神经遗传变性与免疫相关疾病的基础与临床研究，以形成具有区域特色的临床医学转化研究平台，建立科研创新、技术应用和人才培养基地，在皖北地区形成较好的辐射带动作用。

2.宿州市医学检验重点实验室。宿州市医学检验重点实验室是集医、教、研三位一体的现代化医学模式的临床实验室,占地4600多平方米，是国家艾滋病监测哨点实验室，全国真菌病监测网络实验室，省细菌耐药监测中心网络实验室。我院检验科是我市检验质控中心挂靠单位，硕士研究生培养点。